Laut der PHP-Dokumentation lässt sich mit mysql_query(); immer nur ein einzelner SQL-Query ausführen, mehrere durch Semikolon getrennte Queries sind nicht erlaubt.
Es geht jedoch wenn man beim mysql_connect(); ein entsprechendes Client-Flag setzt:
mysql_connect($server, $user, $pass, false, 65536);
65536 ist in MySQL als CLIENT_MULTI_STATEMENTS definiert und erlaubt damit mehrere Statements in einem einzelnen Query.